Windows 98 SE (Second Edition) має виправлення, яке використовується для виправлення відомої проблеми із завершенням роботи комп'ютера. Для отримання додаткових відомостей про цей патч див.

Windows 98

Існує кілька причин, які можуть призвести до вимикання комп'ютера з повідомленням "Зараз безпечно вимкнути комп'ютер".