Windows ME є оновленням до Windows 9x, і більшість програм для Windows 95 і Windows 98 будуть працювати з Windows ME. Ми говоримо "більшість", оскільки програмне забезпечення, таке як антивірусна програма або будь-яка інша утиліта, призначена для Windows 9x, не працюватиме (або працюватиме добре) у Windows ME. Структура файлу та файли конфігурації дещо змінилися у Windows ME. Проте в Windows ME будуть працювати ігри, програми та інше програмне забезпечення. Якщо програмне забезпечення не працює, він повинен мати оновлення, що дозволяє йому працювати.